除在證券交易所交易以外，日本還存在店頭交易，又稱柜臺交易市場（otc）。店頭交易由各證券公司根據證券業協會的規則，進行上市公司或者非上市公司股票的買賣。除此之外，機構投資者的“一攬子”交易或者大股東出售股票，也可以店頭交易的方式進行.

其發展歷史為：

早在1963年，日本出現otc市場，當時，現行的適合于全國的otc市場登記制度開始生效。

1969年開始按市價公開訂購股票，這成為往后新企業上市多年的增長提供了動力。在20世紀70年代，店頭交易另一重要的發展是通過發行股票和債券直接融資取代從銀行借貸。1983年至1985年政府特別為加強一級股市制定了許多重要法規，允許沒有在交易所上市的中、小企業集資。同年組織了專為otc股票使用的正式注冊經紀人系統。自1989年，政府還允許注冊的股份在股票、債券期貨交易中用作信用保證。同年，三個otc市場中心——東京、大飯、名古屋合并成一個單一報價系統。1992年，證券經紀人協會引入新的 jasdaq系統（日本證券經紀人自動報價系統），這是一個和美國 nasdaq相同的計算機交易系統。

otc市場目前的定位是為小企業發行者提供資金，為發行的股票提供公眾投資的市場。

有時，公司既可在東京證券交易所上市也可在otc上市，選擇otc的原因是：

（l）公司可以保留更多的股份；

（2） 手續簡便，要求不太 嚴格。

日本上市風險

與其他地方的券商不同，日本券商非常關注擬l市企業與日本的關系，比如，是否與日本有業務往來，是否有日本投資者，等等。從日本方面得到的答案是：第一，日本所有的證券交易所都有這個要求；第二，當地的投資者要求到日本上市的企業能夠有日本的因素。滿足這兩個條件的企業，去日本更容易獲得投資。這就意味著中國企業到日本上市一定要有日本因素在里面，否則到日本成功上市的困難還是比較大的。

首先，在日本上市的準備期太長，不適合創業企業。通常，在中國香港地區和納斯達克上市一般花費的時間在六至十個月，而在日本上市則需要一年半到兩年的時間。對創業企業來說，時間很重要。為了節省時間，為了盡快上市，應該考慮的是選擇上市時間花費比較短的地方。

其次，上市成本很高。融資低于5000萬美金的，在日本股市很難找到愿意幫忙的機構，即使有，成本也比較高，上市所需要的花費占融資的比重就會變大。比較而言，香港上市的融資規模最低在1000萬美金左右，納斯達克上市的第一次融資額度最低限度在五六千萬美金，如果公司達到這一標準，就有券商和中介機構愿意幫它上市。

再次，日本審查嚴，券商有限。從上市的審查來看，在中國香港地區和納斯達克上市，更強調信息的披露和公司自己的管理；而在日本上市，券商和會計師除了強調信息披露之外，還會強調公司內部的監管制度以及這個制度是否真正能夠發揮作用。另外，日本的中介機構缺少中國公司在當地上市的經驗。而且到日本上市要聘請很專業的人才，一般要求是熟悉日本的證券市場，會中文、日文、英文的人，這樣才能與日本的中介機構、券商、投資者進行很好的交流。聘用這樣的人才成本非常高。券商的數量和能力，也是個問題，所以大型的企業要完成在日本上市的過程，可能性也很小。